Politeknik Negeri Fakfak (POLINEF) didirikan pada tanggal 30 Oktober 2012 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 68 tahun 2012. POLINEF awalnya menyediakan tiga program studi pada jenjang vokasi yaitu Teknik Perawatan dan Perbaikan Mesin, Teknik Sipil, dan Manajemen Informatika. Saat ini, POLINEF telah berkembang dengan menyediakan enam program studi pada jenjang vokasi.