Politeknik Negeri Nunukan (PNN) didirikan pada tanggal 24 September 2020 berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia Nomor 30 Tahun 2020. Awalnya merupakan kampus binaan Politeknik Negeri Samarinda, PNN kini menjadi institusi pendidikan vokasi yang berdiri sendiri.