Politeknik Pertanian Negeri Samarinda (PPNS) didirikan pada tanggal 6 Februari 1989 sebagai Politeknik Pertanian Universitas Mulawarman Bidang Studi Kehutanan. Pada tanggal 19 September 1991, kampus ini diresmikan oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Indonesia. PPNS kemudian menjadi institusi mandiri pada tahun 1995 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. B-703/I/1995.