Sebelum menjadi perguruan tinggi negeri, kampus ini merupakan perguruan tinggi swasta dengan nama Universitas Timor Timur (Untim) yang didirikan pertama kali oleh Yayasan Pendidikan Cendana Wangi pada tahun 2000. Pada tahun 2014, Universitas Timor berubah status menjadi perguruan tinggi negeri.