Universitas Borneo Tarakan didirikan oleh Yayasan Pinekindi pada tanggal 9 Oktober 1999 dan ditetapkan pada tanggal 30 Maret 2000 berdasarkan Surat Keputusan Yayasan Pinekindi Nomor: 011/YP/TRK/III/2000.
Tarakan Timur, Tarakan, Kalimantan Utara
No.1, Jl. Amal Lama No.Kel, Pantai Amal, Kec. Tarakan Tim., Kota Tarakan, Kalimantan Utara.