Universitas Khairun didirikan pada 15 Agustus 1964 dan memperoleh pengakuan dengan dikeluarkannya Surat Keputusan Menteri Pendidikan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan No. 100/B/SWT/1965 tertanggal 15 Februari 1965 tentang status dan kedudukan Unkhair. Kemudian, statusnya diubah menjadi Perguruan Tinggi Negeri berdasarkan Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 18 Tahun 2004 tertanggal 17 Maret 2004